La importancia de la villa creció al convertirse en paso obligado en el camino que unía Burgos con Palencia y Valladolid, pues en este lugar era dónde se atravesaba el río Pisuerga. La construcción de un puente del S. XV, suponía la eliminación de los peligros que conllevaba cruzar el río – caudaloso en este tramo de su recorrido – mediante barcas.
Lugar frecuentado en diferentes momentos por la monarquía, con la invasión francesa la actuación de Torquemada alcanzó el grado de heroicidad. El 6 de junio de 1808 el general Lasalle llegaba a la población procedente de Burgos. Iba al frente de cuatro batallones de infantería y una importante fuerza de caballería camino de Valladolid. Al anochecer los vecinos cortaron con barricadas el puente sobre el Pisuerga a la vez que utilizando la Iglesia de Santa Eulalia como Alcazar, se aprestaron a repeler al invasor. El entusiasmo de la población no pudo con el imponente ejército francés que consiguió entrar en el pueblo tomando represalias desmedidas, matando e incendiando edificios, incluida la Iglesia.
Como consecuencia de estos acontecimientos los vecinos huyeron a poblaciones próximas. A su regreso el panorama que presentaba la villa era desolador. Mediando el s. XIX la villa se había recobrado totalmente.
Fray Juan y Fray Tomás de Torquemada
Torquemada es un escenario de historia y cuna de figuras tan insignes como el Cardenal Fray Juan de Torquemada y su sobrino Fray Tomás de Torquemada, primer Inquisidor General de Castilla y Aragón en 1.483, famoso por su implacable administración de la Inquisición. En ambos casos hay hechos que introducen la conexión con Torquemada, a título de ejemplo. Sirva una carta firmada por Fray Tomás que se conservaba en el Archivo Parroquial hasta finales del siglo pasado en la que respondía a una en la que los vecinos se dirigían al inquisidor solicitando dinero para la construcción de la Iglesia.
Es también casa solariega del poeta José Zorrilla y de la Reina Doña Juana «la Loca».
Torquemada fue visitada en repetidas veces por el Emperador Carlos V: el 28 de febrero de 1.520 antes de ser elegido emperador, el 25 de agosto de 1.522, julio de 1.524, mayo de 1.527, 1.542…incluso en su último viaje, camino a su retiro en el monasterio de Cuacos de Yuste, dónde moriría.
Torquemada o el lugar de la Torre quemada, en referencia a la torre defensiva levantada por los visigodos y quemada por los árabes, seguramente estuvo habitada en las invasiones célticas, continuaría con los vaceos a la que pertenecía Antraca, luego Torquemada. En las tierras se batalló en la conquista de los romanos, con importantes hallazgos arqueológicos, y en su término se han encontrado algunas “villas” romanas.
A mediados del siglo XIV aún existían, además de Torquemada era señor el Adelantado de Castilla, los ya despoblados de Valdesalce, con su iglesia de Santa María y Quintana Sendino, con la de San Andrés. Existía también el lugar de San Juan de Sinova. Fue Torquemada lugar de Behetría, eligiendo señor a Juan Rodríguez de Sandoval, así como el de Vilambistía y los otros dos citados. En 1593 se hundío su magnífico puente. Fue en el siglo XVII de la casa de Sandoval de la villa de Lerma y luego de los Duques de Medinaceli.
Sufrió la villa grandes calamidades en la Guerra de la Independencia, siendo ocupada, saqueada e incendiada por el general Lasalle en junio de 1808. Por su término pasa el canal de Villalaco o de Alfonso XIII, así como la antigua Cañada Real Burgalesa, siendo pueblo muy concurrido en los mercados hacia Median del Campo. Aquí se fundó a finales del siglo XII conventos de monjas Bernardas de Santa María de Escobar, para residir en Palencia a final del siglo XVI. Por Torquemada pasó a lo largo de cuatro meses el cortejo fúnebre de Felipe I “el Hermoso”. Naciendo aquí su hija la Infanta Catalina, luego reina de Portugal.